Valve cho biết họ đang phối hợp với AMD để mang Windows 11 lên Steam Deck. Về cơ bản Steam Deck có thể cài Windows, Valve hỗ trợ điều này. Nhưng với Windows 11 thì phức tạp hơn chút vì vướng cái TPM 2.0 và phía Valve nói họ đang làm việc với AMD để Steam Deck có thể hỗ trợ TPM ở cấp độ BIOS. Khi TPM được thông qua thì việc cài Windows 11 lên Steam Deck sẽ dễ như trở bàn tay.
Từ lúc ra mắt Steam Deck tới nay, Valve luôn rất thoải mái về vấn đề tương thích và mở rộng chức năng cho máy. Họ không muốn giới hạn chức năng của Steam Deck. Game thủ có thể cài game từ các nguồn khác ngoài Steam, có thể cài thêm trình giả lập và thậm chí cài Windows.