Valve xác nhận rằng Steam Deck hỗ trợ Mod và Steam Workshop, cho phép bạn cài thêm các bản Mod cho game giống như chơi trên PC. Đồng thời bạn cũng có thể cài game từ các kho game khác ngoài Steam như Epic, Ubisoft Connect, GOG Galaxy và Origin.
SteamOS của Steam Deck về bản chất là một bản custom của SteamOS trên máy tính về giao diện và control để bạn có thể sử dụng trên máy chơi game cầm tay. Tất cả những chức năng, bao gồm luôn cả Friends, Chat hay Steam Workshop đều được giữ nguyên và hoạt động full công năng.