Trong bản cập nhật v4.01 được tung ra vào ngày 23/08/2023, Nikon Z9 đã được cập nhật những điểm sau:
- Trong vài trường hợp hiếm gặp, máy ảnh tự động ngắt hoặc không thể quay video tiếp tục nếu trước đó máy đang ở trạng thái chờ
- Không thể chọn Choose image area khi đang quay slow motion
- Trường hợp máy ảnh đang để chế độ Auto White Balance thì tấm ảnh đầu tiên khi chụp liên tục sẽ bị sai cân bằng trắng
- Nếu bật Photo flicker reduction thì việc xem ảnh trực tiếp sẽ bị gián đoạn